Oltre alle deiezioni, occorre smaltire tutte le parti di "scarto" degli animali uccisi.

In caso di epidemie, vengono bruciati, o seppelliti (vivi o morti) milioni di animali. La cremazione richiede una grande quantità di combustibile ed emette fumi inquinanti e tossici (compresa la diossina). La sepoltura contribuisce all'inquinamento delle fonti d'acqua e all'inquinamento da antibiotici (di cui gli animali sono imbottiti).

Ma anche nel "normale processo produttivo" viene prodotta un'enorme quantità di scarti non utilizzabili: la testa, i visceri, gli zoccoli, il contenuto dell'intestino, le cartilagini, le piume, le ghiandole, sono parti che non vengono normalmente usate.

Fino a poco tempo fa venivano essiccate e tritate in farine carnee che venivano aggiunte ai mangimi degli animali erbivori, ma ora, dopo il caso "mucca pazza", questo non è più possibile (almeno, non lo è legalmente) e quindi vengono stoccate, con conseguente spreco di spazio e denaro pubblico.

Altri sottoprodotti sono usati dall'industria. Ad esempio la pelle è usata nell'industria conciaria, che è una delle più inquinanti che esistano: le concerie sono responsabili dell'acidificazione di vasti territori agricoli e rendono non potabili le acque della zona in cui sorgono, oltre a essere estremamente dannose per la salute dei lavoratori.